Program Pendidikan Spesialis (PPDS) Fakultas Kedokteran (FK) UIN Syarif Hidayatullah Jakarta terdiri dari 2 program studi yang diresmikan pada tahun 2024 dan 2025. Sehubungan dengan Surat Keputusan Menteri Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi (Mendikbudristek), FK UIN Jakarta membuka PPDS Pulmonologi dan Kedokteran Respirasi, dan Obstetri dan Ginekologi.
