Dalam rangka menunjang pembinaan mahasiswa yang berdasarkan program Tridharma Perguruan Tinggi, UIN Syarif Hidayatullah Jakarta memfasilitasi mahasiswa untuk membentuk student government. Student government terdiri atas lembaga-lembaga kemahasiswaan tingkat Universitas, Fakultas, dan Jurusan/Program Studi di lingkungan UIN Syarif Hidayatullah Jakarta. Selain itu terdapat pula Unit-unit Kegiatan Mahasiswa (UKM) yang bergerak dalam satu bidang tertentu. Lembaga-lembaga kemahasiswaan tersebut adalah:
Tingkat Universitas
Tingkat Fakultas
Lembaga Kemahasiswaan pada tingkat fakultas hanya BEMFA (Badan Eksekutif Mahasiswa Fakultas).
Tingkat Jurusan/Program Studi
Lembaga Kemahasiswaan pada semua Jurusan/Program Studi adalah BEMJ (Badan Eksekutif Mahasiswa Jurusan). Kegiatan kemahasiswaan UIN Syarif Hidayatullah Jakarta secara umum disalurkan melalui lembaga-lembaga organisasi intra. Organisasi mahasiswa tersebut mengatur dan melaksanakan kegiatan-kegiatan mahasiswa di bidang ekstra kurikuler, keilmuan, pengembangan minat dan bakat, serta sosial kemasyarakatan.